Les maladies infectieuses émergentes en général et celles zoonotiques d’origine virale en particulier, connaissent une accélération dans la fréquence des épidémies et pandémies. Cette augmentation de la fréquence des épidémies est sans doute exacerbée par les activités anthropocéniques. Ainsi, entre 2005 et 2024, l’Organisation Mondiale de la Santé a été amenée à élever au niveau maximal son alerte en déclarant près 8 fois l’urgence de santé publique de portée internationale (USPPI). La dernière en cours a été déclaré pour le mpox le 14 août 2024. Par cette déclaration, le mpox a rejoint la maladie à virus Ebola, une autre zoonose à fort potentiel épidémique, dans le lot des émergences ayant conduit 2 fois à la déclaration d’USPPI.Ces deux maladies partagent plusieurs points communs incluant leur origine virale, les premières détections humaines en République Démocratique du Congo (entre1970 – 1980), leur réservoir non élucidé à ce jour et les défis majeurs dans leur diagnostic et thérapeutique, surtout aux lieux d’émergence.Ces 2 maladies imposent en tout lieu où ils émergent un contrôle rapide afin de sécuriser les communautés locales et épargner les systèmes globaux des crises multiformes à l’instar de celles occasionnées par la covid-19. Le contrôle efficace passe par la capacité à détecter et caractériser l’agent pathogène. Nous avons ainsi mis au point un test sérologique et avons intégré la sérologie multiplex dans les investigations des épidémies à l’instar de celle de Masimanimba. Nous avons réalisé en plus une enquête rétrospective sur des échantillons de sérum, qui nous a permis d’augmenter le taux de positivité de 14,5%, lorsque la PCR et/ou la séropositivité sont prises en compte pour la détection des cas positifs, démontrant que plusieurs épidémies passeraient probablement inaperçus.Par ailleurs, face au nombre de cas croissant, le séquençage à haut débit a été intégré en plus des investigations épidémiologiques. Ainsi, nous avons pu caractériser le clade Ia, circulant majoritairement dans le pays. Nous avons décrit des cas associés à la transmission sexuelle dans la province du Kwango, une co-circulation avec le Swinepox à la Tshuapa, un contexte propice à la transmission transfrontalière autour de la rivière Ubangi et des introductions dans les zones urbaines telles les villes de Kisangani ou Kinshasa. En outre, nous avons documenté l’émergence de l’épidémie liée au clade Ib dans la zone de santé de Kamituga à l’Est du pays, montrant plus de signaux moléculaires d’adaptation à l’homme, et qui a rapidement gagné les les villes de Bukavu, Goma et Kinshasa. Ce double paradigme, d’une part clade Ia lié aux transmissions zoonotiques (interespèces) de façon prédominante, et d’autre part clade Ib caractérisé par une transmission interhumaine soutenue pourrait évoluer, surtout à cause des corcirculations clade Ia et clade Ib, tel qu’à Kinshasa. Pour l’épidémie Ebola de l'Équateur en 2020, l’utilisation de la génomique a permis de détecter la cocirculation de 2 variants ont été découvert qui co-circulaient, à savoir celui responsable de la déclaration de l’épidémie de 2020 et celui ayant circulé en 2018 (9ème épidémie MVE, souche Tumba). Et une vue plus globale de l’épidémie a pu être obtenue malgré que toutes les chaines de transmission n’aient pas été élucidées.Ainsi, les lumières issues des réponses à quelques -unes des observations relatives aux épidémies de mpox et de maladies à virus Ebola, révèlent d’autres mystères à explorer en vue d’anticiper les problèmes sanitaires que ces menaces pourraient engendrer à tout moment. Nos résultats de thèse démontrent encore combien cruciale est l’intégration de l’approche « une santé » associant plusieurs disciplines pour aborder les défis sanitaires posés par les zoonoses plus difficiles à éradiquer. Emerging infectious diseases in general, and zoonotic diseases of viral origin in particular, are experiencing an acceleration in the frequency of epidemics and pandemics. This increase in the frequency of epidemics is undoubtedly exacerbated by anthropocenic activities. Thus, between 2005 and 2024, the World Health Organization was led to raise its alert to the maximum level by declaring a Public Health Emergency of International Concern (PHEIC) nearly 8 times. The last one in progress was declared for mpox on August 14, 2024. With this declaration, mpox joined the Ebola virus disease, another zoonosis with high epidemic potential, in the batch of emergences that led to the declaration of PHEIC twice.These two diseases share several common points including their viral origin, the first human detections in the Democratic Republic of Congo (between 1970 and 1980), their reservoir not yet elucidated and the major challenges in their diagnosis and treatment, especially at the places of emergence.They also require rapid control wherever they emerge in order to secure local communities and spare global systems from multifaceted crises such as those caused by covid-19. Effective control requires the ability to detect and characterize the pathogenWe have developed a serological test and have integrated multiplex serology into the investigation of epidemics such as the one in Masimanimba. We also carried out a retrospective survey on serum samples, which allowed us to increase the positivity rate by 14.5%, when PCR and/or seropositivity are considered for the detection of positive cases, demonstrating that several epidemics would probably go unnoticed.In addition, in the face of the growing number of cases, high-throughput sequencing has been integrated in addition to epidemiological investigations. Thus, we were able to characterize clade Ia, which circulates mainly in the country. We have described cases associated with sexual transmission in Kwango province, co-circulation with Swinepox in Tshuapa, a proprice context for cross-border transmission around the Ubangi River and introductions in urban areas such as the cities of Kisangani or Kinshasa. In addition, we documented the emergence of the Clade Ib-related outbreak in the Kamituga Health Zone in the east of the country, showing more molecular signals of adaptation to humans, and which quickly spread to the cities of Bukavu, Goma and Kinshasa. This dual paradigm, on the one hand clade Ia linked to zoonotic (interspecies) transmissions in a predominant way, and on the other hand clade Ib characterized by sustained human-to-human transmission could evolve, especially because of clade Ia and clade Ib corcirculations, as in Kinshasa.For the Ebola epidemic in Ecuador in 2020, the use of genomics made it possible to detect the co-circulation of 2 variants were discovered that were co-circulating, namely the one responsible for declaring the 2020 epidemic and the one that circulated in 2018 (9th EVD epidemic, Tumba strain). And a more global view of the epidemic has been obtained despite the fact that not all the chains of transmission have been elucidated.Thus, the insights from the responses to some of the observations relating to the epidemics of mpox and Ebola virus diseases, reveal other mysteries to be explored in order to anticipate the health problems that these threats could cause at any time. Our thesis results further demonstrate how crucial is the integration of the "one health" approach associating several disciplines to address the health challenges posed by zoonotic diseases that are more difficult to eradicate.