Risques sanitaires liés à la consommation de viande de brousse en Afrique tropicale ‎investigation microbiologique de prélèvements en provenance du Bénin, de RDC et RCA Health risks associated with bushmeat consumption in tropical Africa : microbial

En Afrique tropicale, la viande de brousse assure une part importante des besoins alimentaires de la population rurale, cependant la manipulation et la consommation de produits issus de la faune sauvage constituent aujourd’hui une menace majeure de santé publique au regard de l’émergence de nouvelles maladies infectieuses zoonotiques. Après avoir évoqué dans une première partie les enjeux de la viande de brousse à l’interface de problématiques à la fois animales, humaines et environnementales, il sera mis en évidence l’existence de lacunes scientifiques majeures concernant la diversité de pathogènes, notamment bactériens, transmissibles par cette denrée alimentaire. L’application d’un criblage génomique, basé sur le métabarcoding du gène ARNr 16S nous a permis dans un second temps d’investiguer le microbiome de différents types d’échantillons de viande de brousse : écouvillons oraux et rectaux, tissus, fèces, et tiques en provenance du Bénin, de la République Démocratique du Congo, de la République Centrafricaine et de Belgique (saisies). L’identification de plusieurs espèces bactériennes responsables de maladies graves au sein de nos données telles que Bacillus anthracis, Escherichia coli, Clostridium botulinum, Campylobacter spp., Mycobacterium tuberculosis, Pasteurella multocida, ou encore Vibrio cholerae, a confirmé l'existence de risques sanitaires importants associés à la filière viande de brousse et justifie de consacrer plus d’efforts de recherche à cette problématique. Cette étude apporte des résultats préliminaires à la recherche plus spécifique d’agents pathogènes et s’inscrit dans une démarche « One Health ». In tropical Africa, the bushmeat is an important source of protein for rural households. However, bushmeat-related activities, such as handling and consumption of wildlife products, pose a major public sanitary risk in light of newly emerging zoonotic infectious diseases. The first part of my thesis will discuss the growing question of bushmeat consumption in the face of animal, human and environmental issues. A review of the literature will then highlight the existence of major knowledge gaps regarding the diversity of pathogens, particularly bacterias, transmitted by such game meat. The use of a 16S rRNA metabarcoding approach then allowed us to investigate the microbiomes of different types of bushmeat samples: oral and rectal swabs, tissues, feces and ticks from Benin, Democratic Republic of Congo, Central African Republic and Belgium. The identification of several bacterial species causing serious human diseases such as Bacillus anthracis, Escherichia coli, Clostridium botulinum, Campylobacter spp, Mycobacterium tuberculosis, Pasteurella multocida, Vibrio cholerae, confirmed the existence of significant health risks related to wildlife-based products and justifies further research efforts on this issue. My study provides preliminary results for more extensive sequencing of samples of interest, which will be needed to characterize more accurately the risks associated to those pathogens. Consistent with the One Health approach, this thesis highlights the need for interdisciplinary collaborations to address the bushmeat issue.